义和团运动后,帝国主义列强感到只凭武力不可能征服中国,因而采取了“以华治华”的战略。他们力图培养出一批具有基督教精神并通晓西方文化科学知识的“高等华人”,作为自己的代理人掌握中国的领导权。为此,他们愈发重视在中国创办教会学校,并从以往以发展初等教育为主转变为侧重发展中高等教育,特别是致力于创办教会大学。加之,清政府对帝国主义列强深化教育侵略的方针不仅不予抵制、反对,反而极力配合,大开方便之门。所以,这一时期教会教育迅速发展,其中,中高等教育的增长尤为显著。
这时期,新建或就原有教会学校改制而设的著名教会大学有:
东吴大学。光绪二十七年(1901年),由美国基督教监理会将原分别设于苏州、上海的博习书院与中西书院合并而成,校址在苏州。先后在苏州与上海设有文理学院与法学院。
震旦学院。光绪二十九年(1903年),由天主教耶稣会创办于上海。后于1932年定名震旦大学。
圣约翰大学。光绪三十一年(1905年),由美国圣公会将原设于上海的圣约翰书院改制而设。
浸会大学。光绪三十二年(1906年),由美国基督教南、北浸礼会创办于上海。后于1915年改名沪江大学。
协和医学校。光绪三十二年(1906年),由英国基督教伦敦会创办于北京。后又有美国长老会、美以美会、内地会与伦敦教会医学会、英格兰教会参加合办。1915年定名私立北平协和医学院。
文华大学。宣统元年(1909年),由美国圣公会与英国循道会、伦敦会合办于武昌,系原文华书院改制而设。后于1924年并入武昌博文书院大学部与汉口博学书院大学部,成立华中大学。
金陵大学。宣统二年(1910年),由美国美以美会、基督会和长老会将原设于南京的汇文书院与宏育书院合并而成。
华西协合大学。宣统二年,由英国基督教圣公会、公谊会与美国基督教浸礼会、美以美会以及加拿大循道会将原设于成都的华西协合中学改制而设。
自义和团运动以来,随着中国人民反对帝国主义的爱国斗争日益深入,许多教会学校的学生也掀起了反对帝国主义奴化教育的斗争。例如:光绪三十一年,上海震旦学院学生因反对外国传教士的压制,愤而集体退学,另组复旦公学(即上海复旦大学的前身)。同年,上海清心书院与中西书院的学生因反对美国单方面修订《中美华工条约》,非法虐待华侨,一律罢课、退学。所有这些都表现出中国青年的民族气节。