维新运动失败后，光绪二十六年(1900年)爆发了震惊中外的义和团反帝爱国运动。在这次运动被帝国主义列强与清政府联合镇压下去后，光绪二十七年(1901年)，清政府与帝国主义列强签订了丧权辱国的《辛丑条约》。从此，帝国主义列强愈发加紧了对中国的控制与掠夺。与此同时，各地人民群众的反抗斗争此起彼伏。为了缓和人民群众的不满情绪，挽救自身摇摇欲坠的统治，清政府自光绪二十六年十二月初十(1901年1月29日)始，被迫实行所谓“新政”。在此之后，清政府相继颁布了一系列改革措施。其中，在学校教育方面，最主要的是建立新的学制。

　　自洋务运动以来，清政府虽曾设立了一些新式学堂，但一直没有建立新的学制。光绪二十七年八月初二(1901年9月14日)，清廷下谕，命将各省府、州、县的书院一律改为学堂，并多设蒙养学堂，还规定各类学堂的教学内容均以“四书”、“五经”纲常大义为主，以历代史鉴及中外政治艺学为辅(《清德宗实录》卷486)。此后几年，各省又陆续兴办了一些新式学堂。这就使建立统一学制的问题愈发迫切地提上了日程。

　　清政府从光绪二十八年(1902年)开始着手建立新学制。这年七月十二，清廷颁布了由管学大臣张百熙(1847～1907)拟定的《钦定学堂章程》，亦即“壬寅学制”(按照传统的干支纪年，光绪二十八年是壬寅年)。该学制将学校分为3段7级：属于初等教育的蒙学堂4年，寻常小学堂3年，高等小学堂3年;属于中等教育的中学堂4年;属于高等教育的高等学堂或大学预科3年，大学堂3年，大学院年限不定。此外，还有与高等小学堂平行的简易实业学堂，与中学堂平行的中等实业学堂、师范学堂，与高等学堂平行的高等实业学堂、仕学馆、师范馆。这个学制虽经颁布，但因不够完备，并未实行。

　　光绪二十九年闰五月初三(1903年6月27日)，清廷命张百熙、张之洞与荣庆重新拟订学堂章程，于同年十一月二十六(1904年1月13日)颁布了《奏定学堂章程》，亦即“癸卯学制”(光绪二十九年是癸卯年)。该学制自公布之日起到宣统三年(1911年)清朝覆亡时为止，曾在全国范围内推行。它共分3段6级：属于初等教育的初等小学堂5年，高等小学堂4年(另设蒙养院，不在正式学制之内);属于中等教育的中学堂5年;属于高等教育的高等学堂或大学预科3年，分科大学堂3～4年，通儒院5年。儿童从7岁入初等小学堂，到通儒院毕业，共需25～26年。与上述直系教育系统并列的，还有师范教育与实业教育两个系统。师范教育分两级：同中学堂平行的初级师范学堂为5年，同高等学堂平行的优级师范学堂为3年。实业教育分3级：同高等小学堂平行的是实业补习普通学堂、初等农工商实业学堂和艺徒学堂;同中学堂平行的是中等农工商实业学堂;同高等学堂平行的是实业教员讲习所与高等农工商实业学堂。此外，还设有属于高等教育阶段的进士馆(为新进士学习新知识而设)、译学馆等。