在元代，中国的书院得到了进一步发展。这同元朝廷对书院所采取的提倡和鼓励政策是分不开的。早在元太宗(窝阔台，1186～1241)时，行中书省事杨惟中随皇子阔出攻宋，就曾搜集理学家的著作送往燕京(今北京)，在燕京创建了一所太极书院。中统二年(1261年)，元世祖还曾颁诏，要求地方官按时在孔庙与书院进行祭祀活动，明令军政人员不得对书院侵扰亵渎，违者加罪。元王朝统一江南后，朝廷为了笼络汉族知识分子，对于书院不论其为官办还是民办，一概采取扶植政策。世祖至元二十八年(1291年)，朝廷曾颁诏明文宣布：凡“先儒过化之地、名贤经行之所与好事之家出钱粟赡(供给)学者，并立为书院”(《元史·选举志一》)，从而有力地推动了书院的发展。

　　元代新建的著名书院除太极书院外，还有兰溪仁山书院、仁和(今浙江杭州)西湖书院、咸宁(今陕西西安)鲁斋书院、长安正学书院、崇仁草庐书院、新安(今河北安新)静修书院、常熟文学书院、上海清忠书院、南阳诸葛书院、长沙东冈书院、歙(音shè)县师山书院、滕县性善书院、鄄(音juàn)城(治今山东鄄城北)历山书院、曲阜尼山书院与洙泗书院等。原有的著名书院，如善化岳麓书院、星子白鹿洞书院、庐陵白鹭洲书院、丹徒淮海书院、铅山鹅湖书院等分别得到兴复或扩建。

　　元代曾在书院讲学或充任主持人的著名人物有赵复、李治(1192～1279)、金履祥(1232～1303)、吴澄、马端临(1254～1323)、同恕(1254～1331)、黄泽(1260～1346)、袁桷(音jué，1266～1327)、安熙、程端礼(1271～1345)、祝蕃(1280～1347)、郑玉(1298～1358)、宋濂(1310～1381)、陶安(1312～1368)等。他们之中，大多数是理学家。

　　在书院教育方面，由于元仁宗在皇庆二年(1313年)颁布的诏书中，将程朱理学钦定为科举考试取士的准绳，所以程朱的著作也成为元代书院中仅次于儒家经典的主要教材。此外，元代书院在指导生徒读书学习方面有了显著进展。这种进展主要是由程端礼所著《读书分年日程》引起的。《读书分年日程》依据朱熹门人所辑录的《朱子读书法》，将青少年学生的读书学习按年龄划分为8岁入学以前、8岁入学之后至15岁以及15岁以后三个阶段，拟定了在这三个阶段中学生学习的程序。《读书分年日程》为后来的一般儒学教育及书院教育提供了行之有效的具体指导。明代以后的许多书院在课程安排上，都曾不同程度地受到它的影响。

　　元代书院最突出的特点是：朝廷极力使它官学化，这在书院的组织管理方面表现得尤为明显。具体体现主要有以下几点：一是规定书院山长由礼部或行省及宣慰司任命，品级相当于下州的学正，从而将山长不仅列入学官，而且纳入了官吏的升迁系统。二是书院设直学一职以掌管钱谷，其地位在山长之下，也由政府委派。三是书院生徒经地方官举荐与监察部门考核，可以被任用为学校的教官或政府的吏员。从这里可以看出，元朝政府比宋朝政府大大地强化了对于书院的控制。不过，官学化主要是其中官办书院的特征，元代仍有不少民办书院保持着私学传统。