(1)清代初期的书院政策与书院概况。

　　明万历四十四年(1616年)，女真贵族努尔哈赤(1559~1626年)即汗位于赫图阿拉(今辽宁新宾县境)，国号大金(史称后金)，后迁都沈阳。其子皇太极(1592~1643年)于天聪十年(1636年)称帝，并改国号为大清。顺治元年(1644年)，清政权乘李自成农民军推翻明朝统治之机，入关南下，定都北京，确立了清王朝的中央政权，以后逐渐统一了全国。

　　清代初期，清政府一方面采用高压政策，如强制汉人剃发易服、建立驻防制度、大兴文字狱等，维护与加强自身的统治;另一方面则施展笼络的手法，如尊奉孔子、提倡程朱理学、开科取士、兴办官学等，借以消弭汉族知识分子的敌对情绪，扩大自己的统治基础。

　　对于书院这种独立于官学系统之外的教育组织，清廷最初是采取了一种抑制发展的政策。顺治九年(1652年)，清廷曾下令明确规定，“不许别创书院，群聚党徒，及号召他方游食无行之徒，空谈废业”(《古今图书集成·经济汇编·选举典》卷十七)，从而清楚地表明，清廷深恐书院聚徒讲学会不利于其统治的稳定。不过，由于书院有着祭祀孔子、程朱等“先贤”的活动，部分书院还以程朱理学作为教学活动的主要内容，与清廷尊孔崇朱的文化政策相吻合，所以，清廷在宣布禁止别创书院的同时，并未宣布取缔原有书院，对于地方上从顺治初年就已自发展开的修葺或重建书院活动也未明令禁止。到了顺治十四年(1657年)，当偏沅巡抚(后改为湖南巡抚)袁廓宇以石鼓书院崇祀朱熹等“先贤”为理由请求重修时，清廷还曾当即表示同意。这就表明，清廷对书院发展的抑制已有所松动。

　　康熙年间，伴随着清王朝统治秩序的渐趋相对稳定，清廷对书院的态度也明显改观。如康熙二十五年(1686年)冬，曾颁赐御书“学达性天”匾额给岳麓书院与白鹿洞书院，并颁发经史著作16种给岳麓书院，颁发《十三经》、《二十一史》给白鹿洞书院。以后又向山东济南省城书院及杭州万松书院、南昌豫章书院等颁赐御书匾额，并颁发《古文渊鉴》、《渊鉴类函》、《周易折中》、《朱子全书》给万松书院。这些都说明，清廷对书院发展的政策已从抑制转而提倡、鼓励了。

　　雍正初期，又曾出现过抑制书院发展的迹象。例如，雍正四年(1726年)，当江西巡抚裴度请求朝廷为白鹿洞书院委任掌教而“部议”不准时，雍正帝(1678~1735年)就曾发话说：设立书院，选择一人为师，如果肄业的人多，势必会产生“藏垢纳污”的流弊。所以他明确表示：对“部议”“不肯草率从裴度之请”(《皇朝政典类纂》卷二二六)深为赞赏。显而易见，这时，雍正帝从巩固其统治的利益出发，对书院的发展是存有戒心的。

　　由上述可知，在顺治初到雍正初这80余年间，总的来看，清廷的书院政策是不稳定的。毫无疑问，当清廷对书院发展加以提倡、鼓励时，自然会显著促进书院建设的进行。同时也应看到，即使在清廷对书院发展采取抑制政策时，也毕竟没有下令废弃书院，而且，截止到清初，书院已有900多年的发展史，不仅对一般知识分子，而且对清朝的各级官吏都有着深刻的影响，他们中间一些热心于文教事业的人士，对于发展书院事业具有强烈的要求与主动性。因此，即使在清廷抑制书院的发展时，仍然存在着书院继续向前发展的一定条件与动力。

　　在清代初期的这段时间里，书院的发展其表现呈两个特点。

　　一是不少书院都曾进行过修葺或重建。例如白鹿洞书院，顺治七年，南康知府徐士仪等首次进行修葺。顺治十四年，又重建了大成殿，并改讲修堂为彝伦堂，宗儒祠为宗儒堂。以后，从康熙初到雍正四年，还曾进行过多次修葺或重建。石鼓书院曾于明末被毁。顺治十四年，经朝廷允准重修。康熙七年(1668年)至雍正六年(1728年)，又曾先后增修过4次。又如岳麓书院，曾于明末被毁。康熙七年，偏沅巡抚周召南命人重建，次年告竣。因康熙十三年(1647年)在“三藩之乱”中再次被毁，于是，康熙二十四年(1685年)，巡抚丁思孔又倡率所属地方官捐资修造堂庑学舍，使该书院重新建成。再如嵩阳书院，于明末倾圮殆尽。康熙十三年，知县叶封修建诸贤祠。康熙十八年(1679年)至十九年，当地士绅耿介(1618~1688年)进行了较大规模的重建。以后，康熙二十三年(1684年)、二十八年(1689年)，巡抚王日藻等与巡抚阎兴邦等又曾分别有所增建。

　　这一时期进行过修葺或重建的书院还有铅山的鹅湖书院、庐陵的白鹭洲书院、歙县的紫阳书院、辉县的百泉书院、太原的三立书院、武昌的江汉书院、西安的关中书院、杭州的敷文书院(即万松书院)、开封的大梁书院、贵阳的贵山书院、桂林的宣城书院、建阳的考亭书院、南昌的豫章书院、长沙的城南书院、昆明的五华书院等。

　　二是新建了不少书院。如顺治年间新建的洛阳的天中书院、安庆的培原书院、鄞县的义田书院(后改名月湖书院)、顺宁(今云南凤庆)的育贤书院;康熙年间新建的扬州的安定书院、庐陵的景贤书院、鄞县的证人书院、昆明的昆明书院(又名育才书院)、杭州的紫阳书院(初名紫阳别墅)、成都的锦江书院、台湾县(今台湾省台南市)的崇文书院与海东书院、福州的鳌峰书院、肇庆的端溪书院、广州的粤秀书院、琼山的琼台书院、苏州的紫阳书院、南宁的式南书院(后改名蔚南书院)、桂林的阜城书院(后改名棲霞书院)、济南的振英书院(后改名蒿庵书院、景贤书院)、奉天(今辽宁沈阳)的萃升书院、肥乡的漳南书院、夷陵州(今湖北宜昌)的墨池书院;雍正十年前新建的江宁的钟山书院、台湾县的奎楼书院、潮阳的棉阳书院、温州的东山书院等。

　　雍正年间，福建各地还设立了100余所正音书院。这些正音书院，绝大多数都设于雍正七年(1729年)，每县至少1所，最多的为上杭县，一县设立12所。当然这种正音书院并不是传统意义上的书院，而是依照清廷的旨意而设，以专门教授官话(北京话)为职责的书院，往往被地方官视为不急之务，因而，时间一久便渐渐废弃，以至于到了嘉(庆)、道(光)时，仅邵武府城还保留一所，但也改为教授制艺了。