(1)明代书院的组织管理，主要表现在两个方面。

　　一是管理人员方面。明代书院的主持人也有“山长”、“院长”等称谓。和元代显著不同的是，明代书院的主持人一般不是学官，而是由地方官延聘或书院兴建者自任。也有的书院中曾出现过由学官兼管书院的事例。如正德年间，经江西巡按唐龙呈请，原兴化府教授蔡宗兖便曾被改授南康府儒学教授，并负责管理白鹿洞书院。后来，黄佐任南康府学训导时，管天衢任建昌县学教谕时，也都曾分别兼主白鹿洞书院教事。除了学官以外，也有身为典史、推官而负责管理书院的。如程文德(1497~1559年)被贬为信宜典史时，曾主管苍梧的岭表书院，吴国伦与李应升则都是在任南康推官时，负责白鹿洞书院教事的。

　　除山长外，明代书院的管理人员还有堂长、直学、会长、斋长等。这些人员的设置在各个书院不尽相同。

　　二是生徒方面。就生源论，明代书院既有像稽山书院、东林书院那样不以籍贯为限的书院，也有只教授本乡、本宗族、本地区生徒的书院;既有只选择“俊秀”者入院学习的书院，也有并不选择生徒的书院;既有专供生员肄业的书院，也有只招收儿童入学的书院。明代还出现了一种专供武臣子弟或武举人肄业的书院(前者如德化的肄武书院，后者如辽东都司的辽左习武书院)。在对生徒的管理方面，明代不少书院也是采用分斋制的。

　　在书院生徒的去向问题上，明代书院一般又恢复到与南宋书院类似的状况，即政府对书院生徒的去向不予过问。不过，这种状况至迟到明代末期，在一定程度上有所变化，主要表现是有的书院(如白鹭洲书院与白鹿洞书院)曾实行过这样一种办法，即每逢岁考与科考时，对该院肄业童生先期另考，取录一定的名额入儒学。这无疑应视为明朝政府对这类书院生徒去向的一种过问。但从现有资料来看，当时实行这种办法的书院还不多，而且这种过问，就其程度而言，也是不能与元朝政府对书院生徒去向的过问同日而语的。