(1)洪武至天顺(1457~1464年)间书院的沉寂。
元至正二十八年(1368年)正月，朱元璋即帝位于应天府(今江苏南京)，定国号为大明，建元洪武。同年八月，明军攻占大都，结束了元朝的统治。
明初的封建统治者从巩固自身统治的需要出发，十分重视培养与网罗人才。为此，他们大力兴办官学，并提倡科举。
在发展中央官学方面，还在至正二十五年，也就是朱元璋即吴王位后的第二年，便改应天府学为国子学。洪武十五年(1382年)又改建国子学于应天鸡鸣山下，继而又改国子学为国子监。国子生享有十分优厚的待遇：政府供给吃穿所需，逢年过节赏赐“节钱”，已婚者养其眷属，未婚的历事生(即国子监派往诸司学习吏事的监生)赐钱使之婚聘，回乡探亲者发给路费。永乐元年(1403年)，又设京师国子监。永乐十八年(1420年)迁都北京后，以原京师国子监为南京国子监，使国子监有南北之分。
在发展地方官学方面，朱元璋于洪武二年(1369年)曾谕令各地皆立学校，府、州、县学随之普遍设立。这类学校的学生也同样受到优厚的待遇：官府供给廪米，供给鱼肉。洪武八年(1375年)，朝廷又曾命地方官府在各地建立社学，以教授民间子弟。其中的优秀者，一度还允许补为儒学生员。
至于科举制度，更是备受明初统治者的青睐。朱元璋早在即吴王位的当年，就曾下达过设文、武二科取士的命令。洪武三年(1370年)，又颁诏宣布，自该年八月起，特设科举，规定中央与地方的文官一概以科举为进身之阶，未经参加科举者不得授官。在这一诏书颁布后，京师、行省分别举行乡试。次年举行会试，取中120名。朱元璋亲制策问，试于奉天殿，授第一名以礼部员外郎之职，其余也分别授以官职。当时因明王朝刚刚建立，缺少官吏，政府还下令各行省连试3年，举人免去会试，直接赴京听选。后来因为这样所选取的多为后生少年，其实际办事能力大都较差，而于洪武六年(1373年)暂罢科举，改由地方官荐举贤才，予以录用。但实行了一段时间以后，发现并不理想，于是，洪武十五年便又重新恢复了开科取士。由此，每3年举行一次科举考试成为定制。洪武十七年(1384年)，又命礼部将科举程式颁行全国，随之科举的地位愈来愈重要，而荐举则逐渐废而不用。永乐初年，内阁7人，不是翰林出身的占一半。到英宗时，局面已是：“非进士不入翰林，非翰林不入内阁”(《明史·选举志二》)，就连南、北两京的礼部尚书、侍郎及吏部右侍郎，不是翰林出身的也同样不能担任。所以，无怪乎后人说明朝“科目(分科取士的名目，明只设进士一科)为盛，卿相皆由此出”。
一方面，由于明初统治者把发展文教事业的重点放在了兴办官学与提倡科举方面，对书院的教育自然不予重视，也无暇顾及。另一方面，由于一般士子为官学的优厚待遇与科举的锦绣前程所吸引，对书院的兴趣大减。所以，从洪武到天顺的近百年间，书院的发展十分缓慢，显得比较沉寂。
不过，这近百年间，书院也并非毫无兴举。例如，正统三年(1439年)，南康知府翟溥福等重建元末毁废的白鹿洞书院，新造了礼圣殿、明伦堂、三贤祠等建筑。但从有关资料来看，正统(1436~1449年)、天顺间的白鹿洞书院，一直没有较大规模的教学活动，因此，这时的白鹿洞书院还谈不上真正的兴复。
应当提到，这一时期也新建了一些书院。如：洪武间建于长泰的龙津书院，永乐间建于万载的坞溪书院，宣德间建于高要(今广东肇庆)的崧台书院，正统间建于琼山的桐墩书院，景泰间建于浪穹(今云南洱源)的龙华书院，天顺间建于麻城的龙溪书院等。这类书院规模都不大，而且也不著名，所以并不能从总体上改变这一时期书院比较沉寂的局面。
(2)成、弘、正、嘉间书院的振兴以及嘉靖间对书院的禁毁。
成化(1465~1487年)以后，科举制度日趋腐败，其最突出的表现是以八股取士，从而使一般士子把注意力完全集中在如何学作八股文，以猎取功名富贵。与此同时，官学也日益衰落。地方官学的教官，不仅缺员甚多，而且担当者多为岁贡生(举人一般不愿就职)，不能胜任。在作为中央官学的国子监里，不仅国子生的人数比明初锐减，岁贡生也因需挨次而升，以致年老体衰者常占十之八九。加之明景泰以后曾实行纳赀入监，一些富家子弟交纳钱财便可直接成为监生，导致了国子监水平的下降，并败坏了士风。
在这种局面下，书院作为育才之地的作用又逐渐引起人们的重视。于是，自成化以后至嘉靖(1522~1566年)时，书院又逐渐兴起。
首先是一些著名书院相继兴复，再度振兴。
白鹿洞书院，成化初年，江西提学佥事李龄命南康知府何浚对该书院重加修葺，并聚集生徒，延聘名师，展开了较大规模的教学活动，使该书院真正兴复。此后，弘治(1488~1505年)、正德(1506~1521年)、嘉靖年间，该书院还曾不断进行过修葺与扩建。
岳麓书院，成化间，长沙知府钱澍重修了岳麓书院。弘治七年(1494年)，长沙府通判陈钢又对该书院进行了修复。其继任李锡与长沙知府王瑫以及府同知杨茂元等，还在弘治间为该书院增建房舍，增置学田等，从而使该书院再度振兴，并在此后的正德、嘉靖年间又相继有所扩建。
嵩阳书院，该书院自金、元以来，曾长期废弃。嘉靖间，登封知县侯泰进行了兴复工作。
其次是新建了一大批书院，特别是在嘉靖年间，书院的发展盛极一时。
这一时期新建立的书院有：建于成化年间的澄迈的秀峰书院、南阳的志学书院、辉县的百泉书院、益都的松林书院;建于弘治年间的河津的文清书院、辽东都司(今辽宁辽阳)的辽左书院、三原的宏道书院、杭州的万松书院;建于正德年间的龙场驿(今贵州修文)的龙冈书院、进贤的征士书院、安邑(今山西运城)的河东书院、成都的大益书院、无锡的二泉书院、南海(今广东广州)的大科书院、新淦的金川书院;建于嘉靖年间的应天的新泉书院、解州(今山西运城西南)的解梁书院、会稽的阳明书院、广德的复初书院、六安的格致书院(后改名龙津书院)、德化的肄武书院、青阳的阳明书院、江都(今江苏扬州)的甘泉书院、宣化(今广西南宁)的敷文书院、杭州的天真精舍(后改名天真书院)、苍梧的岭表书院、安福的复古书院、衢州的衢麓讲舍、贵阳的阳明书院、陇西的崇义书院、秀水(今浙江嘉兴)的闻湖书院、宁夏卫(今宁夏银川)的养正书院、青田的混元书院、新会的象山书院、沅陵的虎溪精舍(后改名阳明书院)、曲江的明经书院、泾县的水西书院、南昌的正学书院、宣城的志学书院、衡山的白沙书院、番禺(今广东广州)的白云书院、永康的五峰书院、蕲州的崇正书院、全椒的南谯书院、衡山的东廓书院、丰城的罗山书院、渭南的湭西书院、嵊县的慈湖书院、禹州(今河南禹县)的白沙书院、上饶的闻讲书院、沅州(今湖南芷江)的文清书院、南昌的罗源书院、真定(今河北正定)的恒阳书院等。
这里有必要指出，书院在这一时期的振兴，特别是在嘉靖年间达于极盛，是同心学派的理学家们所起的作用密不可分的。就拿上面所提到的书院来说，南海大科书院、应天新泉书院、衡山白沙书院、番禺白云书院均系江门心学即白沙学派的创始人陈献章(1428~1500年)的大弟子湛若水(1466~1560年)所建;龙场驿龙冈书院、宣化敷文书院系姚江心学即阳明学派的创始人王守仁(1472~1528年)所建;广德复初书院、安福复古书院、衡山东廓书院的创建人邹守益(1491~1562年)与衢州衢麓讲舍、丰城罗山书院的创建人李遂，均为王守仁的门人;六安格致书院的创建人欧阳德(1496~1554年)，杭州天真精舍的创建人薛侃(?~1545年)、钱德洪(1496~1574年)、王畿(1497~1582年)，青田混元书院的创建人范引年，沅陵虎溪精舍的创建人徐珊，曲江明经书院的创建人陈大伦，永康五峰书院的创建人应典、周桐，全椒南谯书院的创建人戚贤(1492~1552年)，渭南湭西书院的创建人南大吉(1487~1541年)，也均为王守仁的门人;会稽阳明书院的创建人也是王守仁的门人;秀水闻湖书院的创建人沈谧是王守仁的私淑弟子;南昌正学书院的创建人王宗沐(1523~1591年)是欧阳德的弟子，属于“浙中王门”;蕲州崇正书院的创建人之一沈宠系欧阳德与王畿共同的弟子，属于“南中王门”。
这一时期，心学派的理学家们创建书院的活动，事实上并不以以上所提到的为限。如湛若水还曾在江浦建新江书院，在南海建云谷书院，在番禺建天关书院，在增城建明城书院、独冈书院、莲花书院。王守仁的弟子方献夫(?~1541年)曾在南海建石泉书院。湛、王共同的弟子蒋信(1483~1559年)曾在贵州建正学、文明二书院。这一时期心学派的理学家们在创建书院的同时，还曾修复或重建过一些书院。如：王守仁于正德间曾在赣州修濂溪书院，南大吉于嘉靖三年(1524年)曾在会稽扩建稽山书院，王守仁的另一位门人张元冲(1502~1563年)于嘉靖间任江西布政使时曾参与重建怀玉书院，王宗沐于嘉靖间任江西提学副使时也曾修过白鹿洞书院。正是这些心学派的理学家们创建与兴复书院的活动，特别是王守仁与湛若水在这方面所做的努力起了重要的倡导作用，才有力地推动了书院的发展，成为明朝书院建设在嘉靖年间达到极盛的关键性因素。
这一时期，心学派的理学家们之所以热衷于创建与兴复书院，并不是偶然的。我们知道，自南宋末年以来，朱学在思想领域长期居于统治地位。永乐年间，明成祖命人以程朱理学为准绳，纂修《五经大全》、《四书大全》、《性理大全》三书，颁行天下，作为科举考试的标准教本，表明了朱学在思想领域的统治已达到顶点。然而，与此同时，也在思想领域造成了严重的墨守之风，并使朱学日趋固陋空疏、烦琐支离。正是在这种状况下，与朱学同时产生于南宋，但却长期晦而不彰的心学得以重振旗鼓，乘势而兴，出现了明朝心学的两大派别，即江门心学与姚江心学。由于当时的官学完全是程朱理学的一统天下，所以，很自然地，心学派的理学家们便把书院视为从事研讨与传播心学的基地。这就是湛若水与王守仁及其弟子们那样热衷于创建与兴复书院的原因所在。
还应提到，就在嘉靖年间书院建设达于极盛的局面下，明朝政府曾连续两次禁毁书院：第一次是在嘉靖十六年(1537年)。这年二月，御史游居敬上疏弹劾湛若水“倡其邪说，广收无赖，私创书院”(《续文献通考》卷五十)，要求予以禁毁。于是，世宗下令废除各处书院。第二次是在嘉靖十七年(1538年)。这年四月，吏部尚书许上奏，以地方官建立书院耗费财力等为由，再次要求禁毁书院。世宗又下诏从其所言。
不过，由于书院在当时影响很大，这两次禁毁并没有阻止书院的发展。实际上，嘉靖十七年后，直到嘉靖末年，各地仍在继续不断地兴建书院。“虽世宗力禁，而终不能止”(沈德符《万历野获编》卷二十四)。
(3)隆庆以后书院的发展及其所受禁毁。
这一阶段大体上可分为前后两个不同的时期。
第一时期，隆庆元年(1567年)至天启四年(1624年)。总的来看，书院的发展还是比较快的，表现为又新建了一批书院。如建于隆庆(1567~1572年)间的海澄(今福建龙海)清漳书院、永城太丘书院、蒙自见湖书院，建于万历(1573~1619年)间的新兴筠城书院、奉节仰高书院、青田新建书院、休宁还古书院、徐闻贵生书院、沧州天门书院、邵武九曲书院、嘉定明德书院、华阴太华书院、西安关中书院、历城(今山东济南)历山书院、苍梧梧阳书院、安福识仁书院、德化阳明书院、嵊县海门书院、乐平洎阳书院、镇原正学书院、元氏文清书院，建于天启(1621~1627年)初年的北京首善书院、安邑弘运书院等。
当然，这一时期书院的发展也不是一帆风顺的。万历七年(1579年)后的两三年间，书院曾又一次遭受过禁毁。而这次禁毁则是由张居正(1525~1582年)发起的。
张居正，字叔大，号太岳，江陵人。嘉靖二十六年(1547年)中进士后，曾任翰林院编修，右春坊右中允兼国子监司业、侍讲学士等，隆庆元年入阁，万历元年(1573年)出任首辅。他对于正德、嘉靖以来在书院中兴起的心学教育深为不满。万历三年(1575年)，他在《请申旧章饬学政以振兴人才疏》中就曾指责这种心学教育“空谈废业”(《张太岳集》卷三十九)，主张再不许创立书院。正是在他的策动下，万历七年正月，明王朝正式颁诏禁毁天下书院。此次对书院的禁毁，比嘉靖间的那两次规模更大，措施更严，有一批书院曾相继遭到废毁的厄运。如绍兴的五云书院、贵溪的玉溪书院、建阳的云庄书院与瑞樟书院、杭州的天真精舍、安邑的河东书院、玉山的怀玉书院、南海的大科书院、长清的愿学书院、岑溪的桔园书院、吉水的仁文书院、大庾(今江西大余)的道源书院、婺源的紫阳书院、建阳的横渠书院、成都的大益书院、益都的松林书院、真定的恒阳书院、太原的河汾书院、叶县的问津书院、武进的龙城书院、宣化的敷文书院等。
不过也要看到，张居正此次禁毁书院之举，在具体执行中，因为受到强大的阻力而大打折扣。这主要表现在以下两点：一是有些书院因地方官吏据理力争而未被禁毁，或只受到部分损失。如：杭州的万松书院因浙江巡按御史谢师启与提学佥事乔因阜上疏奏陈该书院奉祀孔子，不应当毁弃而得以保存;长泰的文公书院因知县方应时以该书院奉祀朱熹为由请求免予禁毁，也得以保存;白鹿洞书院因江西巡抚邵锐力陈该书院有皇帝所赐的匾额，不便拆毁，而使书院本身与少部分供应祭祀所需的学田也得以保存了下来。二是有些书院采取改头换面的方式也得以保存。如贵溪的象山书院改名为象山祠，安福的复古书院改名为三贤祠。此外，也有些书院因为地理位置比较偏僻而未被毁废。
万历十年，张居正去世。此后，书院的兴建活动又继续展开。与此同时，一些被禁毁的书院也相继修复。如：万历十一年(1583年)，吉水的仁文书院重建;万历十二年(1584年)，绍兴的五云书院重建;万历十三年(1585年)，建阳的云庄书院与瑞樟书院兴复;万历二十一年(1593年)，太原的河汾书院恢复(改名为三立祠，即三立书院);万历四十三年(1615年)，婺源的紫阳书院重建。因此，万历年间，书院的数量实际上还是很多的。仅以新建书院的数量而论，万历间在明代中仅次于嘉靖间占第二位(参见曹松叶《宋元明清书院概况》)。这就表明，张居正的禁毁书院之举，不过是这一时期书院发展过程中一个短暂的插曲而已。
第二时期，天启五年(1625年)至崇祯(1628~1644年)末年。天启五年，在明代历史上发生了第四次禁毁书院的事件。这次禁毁，就其起因而言，主要同东林书院与“东林党”有关，对此有必要略加说明。
我们知道，宋人杨时曾讲学于无锡的东林书院。该书院位于无锡城东南，久已倾废。明成化间，邵宝(1460~1527年)曾另建东林书院于无锡城南的泰伯渎上，后又倾圮。万历三十一年(1603年)，罢官家居的顾宪成(1550~1612年)与高攀龙(1562~1626年)倡议重建东林书院，得到了当地一些士大夫的响应与地方官吏的支持。万历三十二年(1604年)十月，该书院重新建成。顾宪成向有关人士发出《会讲东林书院公启》，定于当月九日至十一日在书院讲堂举行大会，由此再度拉开了东林书院讲学活动的帷幕。
以顾宪成、高攀龙为代表的东林诸子，不满正德以来姚江心学盛行一时的局面，以复兴朱学，上继周、程为己任，通过书院的讲学活动，逐渐形成一个学术流派，即历史上有名的东林学派。这一学派中人对当时政治腐败的状况深为不满，因而倡导关心国事，并往往在讲学的同时评议朝政、臧否人物，因此影响愈来愈大。一些在政治上失意的士大夫“闻风响附”，纷纷前来参加讲会，以致书院的学舍无法容纳。不少朝中的官员也和他们互通声息，遥相呼应，从而汇合为一支政治力量，被称为“东林党”。
从万历到光宗时，东林党人同朝中分别由浙江、山东、湖广(湖南、湖北)、宣城、昆山籍官僚结成的“浙党”、“齐党”、“楚党”、“宣党”与“昆党”进行了长期的“党争”。东林党人在这种党争中所提出的主要主张有：要求改革朝政，整肃吏治，体恤商人，反对矿监、税使的恣意搜刮等。
光宗死后，东林党人一度在朝中得势，但出身无赖的宦官魏忠贤(1568~1627年)与熹宗乳母客氏相勾结，深得熹宗的宠信。加之，那些反对“东林党”的官僚纷纷向他投靠，其势力迅速膨胀，形成“阉党”。由于魏忠贤凭借“阉党”的势力擅权乱政，朝政更加黑暗。天启四年，东林党人、副都御史杨涟(1572~1625年)上疏弹劾魏忠贤24大罪，高攀龙的弟子、吏科都给事中魏大中(1575~1625年)与御史袁化中等70余人也上疏弹劾魏忠贤的劣迹，结果杨涟、魏大中等数十人先后遭到罢斥，从而使东林党人在朝中失势;而魏忠贤则愈发权倾朝野，一手遮天。
为了向魏忠贤献媚讨好，“阉党”成员编造了《同志录》、《东林点将录》等有关东林党人的黑名单(有的并非东林党人，只是因为不肯依附魏忠贤，也被列名其中)，以供魏忠贤按名捕杀、罢黜。于是，魏忠贤于天启五年大兴党狱，先将杨涟、左光斗(1575~1625年)、魏大中，袁化中、周朝瑞、顾大章逮捕下狱，给他们强加上收受贿赂的罪名，严刑逼供，以致6人相继惨死狱中。同年十二月，魏忠贤又将编入东林党人姓名(共309名)的《东林党人榜》公布于天下，凡列名榜上者，在世的革去官职，去世的追夺官爵。次年又命人逮捕高攀龙、周起元、周顺昌(1584~1626年)、缪昌期(1562~1626年)、黄尊素(1584~1626年)、李应升(1593~1626年)、周宗建(1582~1626年)等。一时间，东林党人或被杀害，或被迫自尽，或被免官，或被充军，受到十分惨重的打击。与此同时，魏忠贤怀疑所有书院均为东林同党，为了从根本上打击东林党并剪除异己，他于天启五年八月假托皇帝的旨意，命“毁天下东林讲学书院”(《明史·熹宗纪》)，从而使书院发展严重受挫。
在这次对书院的禁毁活动中，东林书院遭到毁灭性的破坏。到天启六年(1626年)时已成为一片瓦砾。所废毁的书院，见诸于记载的还有常熟的虞山书院，宜兴的明道书院，西安的关中书院，进贤的钟陵书院与征士书院，高安的筠阳书院，吉水的仁文书院，浮梁(今江西景德镇北)的双溪书院，乐平的洎阳书院，黟县的碧阳书院、中天书院与林历书院，休宁的还古书院等。
在这场由“阉党”发起的，以打击东林党人为主要目的的活动中，东林党人不畏强暴，宁死不屈，视死如归，“一堂师友，冷风热血，洗涤乾坤”(《明儒学案》卷五十八)，同“阉党”进行了顽强的斗争。就是在东林书院被拆毁以后，有些人仍继续坚持到书院废址从事讲习活动，表现出对“阉党”嚣张气焰的蔑视。同时，东林党人的反“阉党”斗争也不是孤立无援的。例如，周顺昌被捕时，愤怒的苏州市民聚众数万，当场打死魏忠贤所派缇骑(逮捕犯人的禁卫吏役)一人，其余缇骑狼狈逃窜。这次事件突出地表明，阉党的倒行逆施激起了人民群众的强烈义愤。
天启七年(1627年)秋，崇祯帝(1611~1644年)即位，魏忠贤被罢黜，安置凤阳，中途畏罪自缢。随后，“阉党”迅速崩溃，其主要成员分别受到惩处，而东林党人则被重新起用。崇祯元年(1628年)，朝廷还批准了御史刘士佐关于恢复天下书院的请求，于是，一些被毁的书院又逐渐恢复。如：东林书院于崇祯二年(1629年)重建;休宁还古书院、常熟虞山书院、吉水仁文书院分别于崇祯元年、崇祯六年(1633年)、崇祯十五年(1642年)修复。此外修复的还有西安关中书院等。与此同时还新建了一些书院，如醴陵的超然书院、英德的桃溪书院、会稽的证人书院、余姚的姚江书院、临高的通明书院、曲周的公善书院等。
以上我们叙述了明代书院的发展概况，这里还有必要补充说明两点：第一，明朝时，在今江西，浙江、广东、福建、湖南、湖北、河南、云南、山东、山西、安徽、江苏、河北、广西、陕西、海南、贵州、四川、甘肃、辽宁、宁夏、北京、上海、重庆等地区都有书院分布。其中，新建书院较多的是今江西、浙江、广东等省。第二，在明代书院建设中，官力上升为主要力量，民力则降为次要地位。
