元代书院制度系由南宋书院制度发展而来，而又具有鲜明的特点。元代书院制度最主要的特点是它的官学化。这在书院的组织管理方面表现得尤为突出。
(1)元代书院的组织管理分如下两个方面。
第一，管理人员方面。元代书院的主持人一般称为“山长”。元世祖至元二十八年以后，根据元朝政府的规定，每所书院设山长一员，中原州县的书院山长由礼部任命，各行省所属州县的书院山长由行省或宣慰司任命，品级相当于下州的学正。山长同学正一样，可由学录、教谕升迁而来，并可升为府与上、中州的教授，而上、中州教授则可升为路教授。这样就使山长不仅成为学官的一种，而且还纳入了官吏的升迁系统。
这里有必要说明三点：一是元代书院的主持人除称为山长外，个别的还称为“院长”或其他称呼。二是元代书院的山长绝非仅由学录、教谕升迁而来。不要说元初的书院主持人显然不在此例，就是在以上规定实施以后，也仍有不少布衣因受荐举而被任命为书院山长的。除布衣外，还有不少下第举人被授以书院山长之职(这种情况始于延祐间)，同时也有因系“先贤”后裔而被任命为奉祀该“先贤”的书院山长的。另外，也有以州学正兼任书院山长的。三是除山长外，元朝政府还在书院中设置了直学一职，以掌管钱谷，其地位在山长之下，也由政府委派。
第二，生徒方面。元代也有不少书院的生徒不以籍贯为限，有些书院在选择优秀人才入院的同时，还招收年幼的学生入院，对二者分别进行教育。至于对生徒的管理方面，有不少书院同南宋一样实行分斋制。
在书院生徒的去向问题上，元代书院同南宋书院有显著的不同。根据元朝政府的规定，元朝书院的生徒经地方官举荐与监察部门考核，可以被用为学校的教官或政府的吏员，从而一改南宋时政府对书院生徒去向不闻不问的状况。从这里可以看出，元朝政府在掌握了书院管理人员的委任权的同时，还掌握了书院生徒的分配权，大大地加强了对书院的控制。
(2)元代书院的教学。同南宋时期一样，元代书院教学的主要教材也是儒家的经典。不过，同南宋时那种各个学派在书院中竞相讲授各派学说的状况迥然不同的是，元代书院所讲授的内容，主要是程朱派理学，与此相适应，程朱的著作也成为元朝书院中仅次于儒家经典的主要教材。之所以如此，同元代科举考试的内容密切相关。据《元史·选举志一》记载，元仁宗在皇庆二年颁布的实行科举制度的诏书中明确规定：无论对蒙古人、色目人，还是对汉人、南人，在科举三场考试第一场的“经问”中，都要从《大学》、《论语》、《孟子》、《中庸》中出题，并以朱熹的《四书章句集注》为准。与此同时，对于汉人、南人，在第一场中还要考试一道“经义”。同时，也规定《诗经》以朱熹的《诗集传》为主，《尚书》以蔡沈的《书集传》为主，《周易》以程朱之说为主，《春秋》可用胡安国的《春秋传》与原《春秋》三传(《左传》、《公羊传》、《谷梁传》)，只有《礼记》仍用古注疏。这就使程朱理学由此被钦定为科举考试取士的准绳。而这一点，势必对元代整个学校教育造成深刻的影响。元代书院讲授的内容之所以主要是程朱理学，其源盖出于此。
这里还有必要提到一点：书院教学一向以个人自学为主，教师的讲学是与生徒的自学相辅相成的。元代书院继承了这一传统，并更加重视对生徒读书的具体指导。元代朱学派学者程端礼所著的《读书分年日程》就是这个方面的一个代表。
在《读书分年日程》中，程端礼依据朱熹门人所辑录的“朱子读书法”六条，将青少年的读书学习按年龄划分为以下三个阶段：
一是8岁入学以前，读《性理字训》，并辅之以《朱子童蒙须知》。
二是8~15岁，依次读《小学》书正文、《大学》经传正文、《论语》正文、《孟子》正文、《中庸》正文、《孝经刊误》、《易经》正文、《尚书》正文、《诗经》正文、《仪礼》与《礼记》正文、《周礼》正文、《春秋》经与三传正文。
三是15岁入学以后，先以三四年工夫，依次读《大学章句或问》、《论语集注》、《孟子集注》、《中庸章句或问》、《论语或问》(抄读其中合于《集注》者)、《孟子或问》(抄读其中合于《集注》者)、《周易》(抄读)、《尚书》(抄读)、《诗经》(抄读)、《礼记》(抄读)、《春秋》(抄读)。然后每5日内以2日背温玩索上述各书，夜间温看性理书籍，并依次读《资治通鉴》、韩愈文、《楚辞》。20岁后，再以二三年之功专力学作科举文字。其课程为：读看近人经问文字九日，作一日;读看近人经义文字九日，作一日;读看古赋九日，作一日;读看制诰、章表九日，作一日;读看策九日，作一日。与此同时，在每日早饭以前，仍须背温玩索四书经注与或问、本经传注、诸经正文，并温看史书、韩愈文、《楚辞》。
这一《读书分年日程》是在吸收、总结了以往包括书院教育在内的儒学教育经验的基础上提出来的。它的出现，又为后来的儒学教育，特别是书院教育提供了具体的指导。事实上，明代以后的多数书院，在课程安排上，都曾不同程度地采用了这一《读书分年日程》。
还应说明的是，元代有的书院还设有专门学科，如鄱阳的鄱江书院设有蒙古学，鄄城的历山书院设有医学等。
(3)元代书院的供祀。元代书院在供祀方面的主要特点是，尤为重视供祀宋代的程朱派理学家。这同元朝政府对程朱派理学家的推尊是密不可分的。还在元太宗时，由行中书省事杨惟中所建立的太极书院，于设祠供祀理学开山周敦颐的同时，即以二程、张载、杨时，游酢、朱熹“六君子”从祀。直到至正二十二年(1362年)，元朝政府还曾允准胡瑜的建议，追封杨时为吴国公，李侗为越国公，胡安国为楚国公，蔡沈为建国公，真德秀为福国公，并明文规定，其人若无子孙，应在其故里的州县学与书院祠堂内予以供祀。正是在元朝政府的一贯倡导下，元代书院的供祀对象自然以宋朝的程朱派理学家为多。
元代有些书院中，一些元儒也受到供祀。被供祀的元儒有金履祥、许衡、杨恭懿(1225~1297年)、刘因、吴澄、许谦、虞集等。其中，有的书院还是以元儒为主祀的书院。如咸宁鲁斋书院与鄞县鲁斋书院均祀许衡，房山文靖书院祀刘因，崇仁草庐书院祀吴澄。
应当提到的是，伴随着书院的官学化，这一时期书院的祭祀典礼也受到元朝政府的直接关注。早在中统二年，忽必烈就曾在诏旨中规定，地方官应于每月初一日在书院举行“释奠”礼。成宗即位以后，又颁诏命各地书院于“春、秋二丁”(即按照干支纪日，春、秋二季的两个丁日)与每月的初一、十五日举行祭祀典礼，从而使书院的祭祀活动比南宋时期更加制度化了。
(4)元代书院的藏书与刻书。元代书院也很重视藏书。这一时期，藏书万卷以上的书院有长社(今河南许昌)的颖昌书院、鄄城的历山书院、嵩州(今河南嵩县)的伊川书院、乐平的冠山书院等。著名的太极书院也藏书8000余卷。有的书院还藏有著名著作的板片，如南丰书院便藏有曾巩著作的板片。
应附带提到的是，这一时期，各书院刻印图书的活动比之南宋时有了更大的发展，主要表现在有刻书活动的书院显著地增多了。这一时期书院所刻的书有：元世祖至元二十年(1283年)兴贤书院所刻王若虚《滹南遗老集》45卷;大德三年(1299年)广信书院所刻辛弃疾《稼轩长短句》12卷;大德十一年(1307年)梅溪书院所刻《校正千金翼方》30卷、《目录》1卷;延祐二年(1315年)圆沙书院所刻董楷《周易程朱先生传义附录》20卷，程颐《程子上下篇义》1卷，朱熹《朱子易图说》1卷、《周易五赞》1卷、《筮仪》1卷;泰定元年(1324年)西湖书院所刻马端临《文献通考》348卷;至顺四年(1333年)龟山书院所刻李心传《道命录》10卷;至正十一年崇川书院所刻李廉《春秋诸传会通》24卷;至正二十年(1360年)屏山书院所刻陈傅良《止斋先生文集》52卷;至正二十五年豫章书院所刻罗从彦《豫章罗先生文集》17卷;至正二十六年(1366年)南山书院所刻《广韵》5卷等。
元代有刻书活动的书院中，以仁和(今浙江杭州)的西湖书院最为出名。因为该书院位于南宋国子监旧址，原藏有许多书板，便于刊行。元代的书院本刻书，由于山长多暇，勤于校勘及书院有官府支持，不惜经费，故颇有精本。
(5)元代书院的建筑结构与经费收支。典型的元代书院，主要建筑与南宋相同。但拥有藏书楼等专用藏书建筑的书院为数尚不是很多。
在经费收入方面，元代书院主要依靠学田的田租。这一时期的书院学田，既有官府拨的，也有私人捐的。学田在千亩以上的书院有丹徒淮海书院、常熟文学书院、南阳诸葛书院、上海清忠书院、滕县性善书院、上饶白石书院等。其中，淮海书院有学田19200多亩，文学书院与诸葛书院的学田也都在4000亩以上。同南宋一样，除了学田的田租收入外，有的书院还有其他项目的收入。如上党的雄山书院除有200亩学田的田租收入外，还有10000株松树的林业收入;邹县子思书院则以钱万缗向民间放贷，收取利息。
至于经费支出方面，元代书院的支出主要用于书院管理人员与生徒之所需以及书院的祭祀费用等。
