由成吉思汗(铁木真，1162~1227年)在金泰和六年(1206年)所建立的蒙古国，于南宋理宗景定元年(1260年)，由忽必烈(1215~1294年)取得汗位，建元中统。至元八年(1271年)，忽必烈正式定国号为大元。次年，建都大都。至元十三年(1276年)，元兵攻陷临安。至元十六年(1279年)，南宋覆亡，全国又归于统一。

　　还在全国统一以前，元朝统治者就已逐渐认识到“文治”对于巩固政权的重要性。为此，他们很注重尊崇儒学和发展文化教育事业。据载，元太宗五年(1233年)，蒙古军占领金都城汴梁(今河南开封)后，太宗便曾颁诏命孔子51世孙孔元楷承袭“衍圣公”的封号，并下令修孔子庙。太宗六年(1234年)灭金以后，委任冯志常为国子学总教，命贵族子弟18人入学。元世祖至元八年，又以儒学大师许衡(1209~1281年)为集贤大学士兼国子祭酒，选择蒙古子弟，由其教授。在发展地方教育方面，元世祖中统二年(1261年)，还曾下诏设置诸路提举学校官，力图复兴各路的学校。

　　与此同时，元朝政府对于书院教育也很重视。还在元太宗时，行中书省事杨惟中(1205~1259年)随皇子阔出攻宋，便曾搜集理学家的著作送往燕京(今北京)，在燕京立周敦颐祠，创建了一所太极书院。中统二年，忽必烈还曾特地颁诏，要求地方官按时在孔庙与书院进行祭祀活动，明确宣布，不许军政人员对书院侵扰亵渎，违者加罪。这无疑反映出，元朝政府保护、发展书院教育的意图。此外，有的元朝地方官吏在戎马倥偬之中，也曾建立过个别书院。如至元十四年(1277年)，江东宣慰使张弘范(1238~1280年)就曾在当塗创建了采石书院。但总的来看，元朝政府统一全国以前，由于战事不断，其统治区域内，书院教育尚无显著发展。而且，实际上，在宋末元初的干戈扰攘之中，不少书院还势不可免地遭到了破坏。

　　元王朝统一全国后，江南的一些地方官吏自发地兴复了某些书院，并新建了一些书院。如至元十九年(1282年)，吉安路总管李珏修复了庐陵白鹭洲书院;至元二十三年(1286年)，潭州学正刘必大重建了善化岳麓书院;至元二十四年(1287年)，婺源知州汪元圭在该州创建了晦庵书院。与此同时，乡间也恢复与新建了一批书院。有些不肯仕元的南宋学者、文人或自建书院以讲学，或在其他私人所办的书院中主教事。如著名学者金履祥(1232~1303年)建仁山书院于兰溪的天福山以讲学，原咸淳进士张卿弼其时隐居弋阳，其弟子杨应桂于至元十八年(1281年)建蓝山书院，以供其授徒。面对这种局面，元朝政府为了消除汉族知识分子的敌对情绪，对于书院不论其为官吏所办还是民间所办，一概采取了鼓励、帮助的办法。至元二十八年(1291年)，元朝政府明文宣布：除在江南诸路学与各县学内设立小学外，“其他先儒过化之地、名贤经行之所与好事之家出钱粟赡学者，并立为书院”(《元史·选举志一》)。元朝政府的这种做法，有力地推动了书院的发展。事实上，正是在这以后，元代书院迅速地发展起来。

　　从元世祖至元末年到元末，书院的发展大致可以划分为以下3个阶段：

　　第一阶段从元世祖至元末年到元仁宗皇庆元年(1312年)。一方面由于北方经济因长期战乱遭到的破坏远比南方经济遭受的破坏严重，而这种影响不是在较短时间内可以消除的，另一方面由于靖康以来北方虽也建立过个别书院，但新建书院主要是在南方，因而，书院的发展主要局限于南方地区。

　　这一阶段南方新建的书院有：建于元贞(1295~1297年)间的攸州(今湖南攸县)凤山书院、嵊县二戴书院，建于大德(1297~1307年)间的义乌五云书院、乐安鳌溪书院、永新屏山书院、金溪青田书院，建于至大(1308~1311年)间的鄞县杜洲书院、婺源明经书院等。同时，南方还重建了一些书院。如元贞间重建的丹徒淮海书院、临桂宣城书院，大德间重建的上元南轩书院、赣县先贤书院等。此外，南方有的书院的经费收入也得到了进一步的充实。如大德间，南康路总管崔翼之便曾为白鹿洞书院添置了上壤田100亩(在此以前，该书院于至元间已曾修缮)。

　　第二阶段从仁宗皇庆二年(1313年)到宁宗至顺三年(1332年)。一方面由于北方经济历经数十年较为安定的社会环境，已逐渐恢复了元气，另一方面则因元王朝于皇庆二年下诏实行科举，所定各地应选参与会试的名额，北方远高于南方，从而对北方地方官学与书院的发展产生了一定的促进作用，所以，北方书院有了较为显著的发展。

　　这一阶段，北方新建的书院有：建于延祐(1314~1320年)间的咸宁(今陕西西安)鲁斋书院、滕县性善书院、三原学古书院、鄄城(今山东鄄城北)历山书院，建于至治(1321~1323年)间的光山涑水书院，建于泰定(1324~1328年)间的昌平谏议书院、郿县横渠书院、绛县华灵书院，建于天历(1328~1329年)间的岐山岐阳书院等。

　　同时，南方也新建了一些书院。如建于延祐间的永丰志欧书院、贵溪灵谷书院，建于至治间的澧阳(今湖南澧县)道溪书院，建于天历间的光泽云岩书院，建于至顺(1330~1332年)间的舒城龙眠书院、常熟文学书院等。

　　此外，还扩建和重修了一些书院。如皇庆二年扩建铅山鹅湖书院，延祐间大修上犹太傅书院，泰定间修复上党雄山书院，至顺间重修遂溪文明书院等。

　　第三阶段从元统元年(1333年)到至正二十八年(1368年)。虽然元王朝于元统三年(1335年)到至元五年(1339年)曾一度停废科举，社会又动荡不已，但这一阶段的前30年间，书院仍有很大的发展。

　　这一阶段新建的书院有：建于元统(1333~1334年)间的长洲甫里书院、长沙乔江书院，建于至元(1335~1340年)间的曲阜尼山书院、崇仁草庐书院，建于至正四年(1344年)的彭泽靖忠书院，建于至正五年(1345年)的上海清忠书院，建于至正七年(1347年)的清湘璜溪书院，建于至正九年(1349年)的射洪(今四川射洪西北)金华书院等。

　　与此同时，重修了一些书院，如至正元年(1341年)重修建德(今浙江建德东北)钓台书院，至正三年(1343年)重修庐陵凤山书院，至正十年重修宁都梅江书院等。

　　至正十一年(1351年)后，虽已进入元末战争状态，有些地区仍有书院建立。如至正十三年(1353年)建的鄄城崇义书院，至正十五年(1355年)建的邹平伏生书院，至正二十三年(1363年)建的光泽崇仁书院等。当然，也不断有书院毁于兵火。如至正十一年白鹿洞书院被毁，至正十二年(1352年)光泽云岩书院被毁，至正二十五年(1365年)崇安紫阳书院被毁。此外，包括善化岳麓书院、铅山鹅湖书院在内的全国大部分书院，也都在元末战争中废毁。

　　从元代书院的发展来看：

　　第一，元代新建书院分布于今属江西、浙江、湖南、山东、福建、山西、河北、江苏、陕西、河南、湖北、安徽、广东、四川、广西、北京、上海等地区。其中，新建书院较多的是今属江西、浙江、湖南、山东等地区。

　　第二，在元代书院建设中，民力仍为主干，官力仍居次要位置，不过民办书院所占比例低于宋代。

　　第三，元代书院的兴建者中，既有汉族人，也有蒙古人(如鄄城的历山书院系由蒙古人历山公千奴所建)与色目人(如舒城的龙眠书院系由色目人知县燮理溥化所建)。这反映出，元朝形成的规模空前的多民族统一国家，对于书院发展产生了一定的影响。