南宋时期是我国书院制度臻于成熟的时期。这一时期书院制度成熟的重要标志，是前述朱熹为白鹿洞书院所制定的学规——《白鹿洞书院揭示》。这个学规在中国书院史上，首次为书院确定了总的教育方针。它不仅是南宋理宗淳祐以后的钦定书院学规，而且是元、明、清三代书院的共同学规。除此以外，这一时期书院制度的成熟还表现在：书院的组织管理趋于健全，书院的讲学、供祀、藏书“三大事业”有了长足的发展，书院的建筑结构与经费收支也形成了一定的规制。
(1)南宋书院的组织管理。南宋书院的组织管理主要表现在管理人员的设置和生徒的招收及其管理两方面。
第一，管理人员方面。南宋时，书院主持人的名称有“山长”、“院长”、“洞主”、“山主”等。其中，以称“山长”者为多。这一时期的书院主持人，多数为书院的民间创办人与地方官吏所延聘(也有由书院的民间创办人自任的)。不过，也有一些书院的山长则是由朝廷直接任命的(这种情况主要出现于南宋后期)。朝廷所任命的书院山长，既有官员，也有虽为布衣但有人举荐的著名学者。其委任的具体做法有：或专门授予某人以山长之职;或命府州学教授与幹官(即幹办公事)兼任山长;或命祠官(即宫观官)兼任山长。
除山长外，南宋时书院的管理人员还有副山长、堂长、讲书、学录、堂差、直学、司计、斋长、斋谕等。这些管理人员在各个书院的设置并不一致。
应当指出，在这一时期的书院中，堂长也是一种较为常见的管理人员。堂长的地位与执掌，不同书院不尽相同。如金溪的槐堂书院与贵溪的象山书院均不设山长，而由堂长“主教”。这两所书院的堂长，其地位与山长无异。而根据朱熹的《南康军请洞学堂长帖》与陈傅良的《重修岳麓书院记》来看，淳熙间，白鹿洞书院与岳麓书院的堂长，虽然与山长、洞主同为书院的主要教师，其地位则在山长、洞主之下。
第二，生徒方面。南宋时期的书院收录生徒一般不分籍贯，有些书院对于生徒要加以挑选，但多数书院并不选择生徒。在对于生徒的管理方面，南宋有不少书院都是采用分斋制，各个书院所设斋数并不相同。
(2)南宋书院的“三大事业”。所谓“三大事业”，即讲学、供祀、藏书三大功能。
第一，讲学。这是书院活动的中心内容，在讲学方面，南宋书院的发展主要表现在以下几方面：
一是书院本身与官方都很重视为书院择师讲学。如东阳的石洞书院就曾屡次延请名师从事讲学，朱熹、吕祖谦、叶适、魏了翁都曾在该书院讲过学。程公许在知袁州时，也曾聘“宿儒”胡安之为南轩书院诸生讲学。
二是不少书院的讲学内容具有鲜明的学派性。南宋书院的主要教材都是儒家的经典，但不同学派的代表人物及其门徒，在其所主持或讲学的书院中所传授的主要是本学派的学说。与此相适应，各学派代表人物的著述也成为书院的主要教材。
三是不同学派可以在同一书院讲学，进行学术交流。例如：乾道三年，闽学派的代表人物朱熹曾讲学于由湖湘学派代表人物张栻所主教的城南书院与岳麓书院，并与张栻“会讲”，讨论《中庸》之义;淳熙八年，心学派的代表人物陆九渊曾应朱熹所请，讲学于白鹿洞书院。应当说明，这种不同学派之间的学术交流，并不以书院为限。例如，淳熙二年(1175年)，吕祖谦就曾约请陆九龄、陆九渊兄弟等，与朱熹会讲于铅山的鹅湖寺。在为学方法上，就“道问学”与“尊德性”的孰是孰非，展开诘辩。也是在淳熙间，吕祖谦还常与其弟吕祖俭(?~1200年)前赴永康的五峰，同永康学派的代表人物陈亮会讲。
四是不少地方官积极参与了书院的讲学活动。如：朱熹、黄榦，又如徐元杰在淳祐间知南剑州时，也曾到延平书院会见生徒，“亲为讲说”(《宋史·徐元杰传》)。
五是书院讲学是与生徒自学相辅而行的。在南宋的书院教学中，讲学者一般并不对儒家经典著作进行系统的讲解，而是在生徒自学为主的基础上，每次只选择儒家经典著作中的某一章或儒家学说中的某一点进行阐发。如：陆九渊讲学于白鹿洞书院时，就只讲了《论语》“君子喻于义，小人喻于利”一章;欧阳守道(1209~?)初次在岳麓书院讲学时，也只阐发了“孟子正人心，承三圣之说”。有的讲学者虽然有时也会敷陈一下某几种儒家经典的大义，但也不是逐章系统讲解。
六是书院讲学的形式趋于多样化。在五代时，作为白鹿洞书院前身的庐山国学中，就已出现了教师“升堂讲释”的教学形式。南宋时，升堂讲学已发展为书院中流行的主要讲学形式，同时还出现了生徒代讲以及生徒试讲同教师讲说相结合等新的讲学形式。据说，陆九渊讲学于象山精舍时，就时常命弟子傅子云代为讲学。至于生徒试讲同教师讲说相结合的讲学形式，朱熹在岳麓书院与竹林精舍都曾采用过。这种讲学形式的优点是，教师可以根据生徒试讲中所存在的问题，有的放矢地进行讲说。
七是名师讲学，非本书院人士也可前来听讲。如黄榦于嘉定间入庐山，在白鹿洞书院讲解《乾》、《坤》二卦时，山南、山北的士人闻讯也都纷纷前来听讲。
第二，供祀。在供祀方面，南宋书院的发展主要表现在，书院供祀“先贤”的活动不仅相当普遍，而且，书院供祀的对象也显著地扩大了。
这一时期，书院的供祀对象相当广泛：既有孔子及其弟子，也有自北宋以来的理学家;既有乡贤名宦或理学家以外的文化名人，如邵武的樵溪书院供祀乡贤李纲(1083~1140年)，宜州的龙溪书院供祀曾谪居该地的黄庭坚，也有与书院有关的人物，如长洲的和靖书院供祀该书院的创建人曹豳。尤其显著的一个特点是重视对理学家的供祀。这一时期，书院中所供祀的理学家，以周敦颐、张载、程颢、程颐、朱熹诸人为多，也有供祀邵雍(1011~1077年)、谢良佐、杨时、尹焞、罗从彦、李侗、张栻、吕祖谦、陆九渊、真德秀等人的。之所以如此，一是由于“嘉定更化”以后，理学地位的日益提高及其在理宗淳祐以后确立了在思想界的统治地位;二是由于朱熹及其弟子黄榦宣扬周、张、程、朱继承儒家所谓“道统”的影响;三是由于在朱熹以其师李侗及李侗之师罗从彦从祀于竹林精舍的带动下，一些理学家的弟子也相继仿效，祀其师或本学派的代表人物于书院。
这一时期，书院的祭祀典礼一般实行春、秋两祭。不过，也有不限于此的。如永嘉的永嘉书院除春、秋两祭外，还有“元旦、冬至行礼”(光绪《永嘉县志》卷七)的规定。还有，当时已经形成了书院于落成之后，开讲之前，先举行“释菜”(古代学校祭祀先师的典礼之一)的制度。
第三，藏书。与北宋时相比，南宋时的书院更加重视藏书。例如：朱熹在兴复白鹿洞书院的过程中，除了奏请朝廷颁赐《九经注疏》等书以外，还曾向江西诸郡及四方学者广为征求图书;陆九渊的门徒、象山精舍的创建人彭兴宗，在陆九渊去世以后，还曾特地到福建路为本书院购书。因此，这一时期书院的藏书更为丰富。据载，严州钓台书院藏有经、史、子、集各类书籍，武宁的黉冈书院藏书万卷，东阳的南园书院藏书多达3万余卷。
这一时期，适应于书院生徒学习与书院本身藏书的需要，有些书院已开始刻印图书。这种书院所刻书被称为“书院本”。如嘉定十七年(1224年)白鹭洲书院所刻班固撰颜师古注《汉书集注》100卷，绍定三年(1230年)丽泽书院所刻司马光《切韵指掌图》2卷，绍定四年(1231年)象山书院所刻袁燮《絜斋家塾书抄》12卷，淳祐六年泳泽书院所刻朱熹《四书集注》19卷，咸淳元年(1265年)建安书院所刻朱熹《晦庵先生朱文公文集》100卷、《续集》10卷、《别集》11卷等，多为善本。
(3)南宋书院的建筑结构与经费收支。
第一，建筑结构。伴随着这一时期书院组织管理的趋于健全以及书院“三大事业”的发展，书院的建筑结构也形成了一定的规制。
典型的南宋书院，其主要建筑包括礼殿、祠堂、讲堂、斋舍、书楼等。礼殿又称圣殿、大成殿或燕居堂等，是供祀孔子的处所。祠堂是供祀本书院所崇奉的“先贤”之处所。讲堂是教师讲学的处所。斋舍是生徒肄业、居住的处所。书楼(或书库、藏书室)是藏书的处所。不过，这时拥有书楼等专用藏书建筑的书院还不多，最小的书院只有祠堂，系以祠堂为书院。
第二，经费收支。南宋书院的经费收入一般主要依靠学田的田租。这时的书院学田，有的是政府所拨，有的是私人所捐。学田在千亩以上的书院有：善化岳麓书院、上元明道书院、星子白鹿洞书院等。其中，岳麓书院有学田5000亩，明道书院的学田为4908亩。除了学田的田租收入以外，有的书院还有其他项目的收入，如金溪槐堂书院，地方官每月拨公费相助。还有个别书院以抵质库(即明以后的当铺)的利息收入作为经费来源，如严州钓台书院便是由官府捐钱5万缗，在城内设抵质库，每月收取利息，以助该书院“养士”之费。
南宋书院的经费支出，主要用于供给书院管理人员与生徒之所需以及书院的祭祀费用等。由于经费所限，南宋有些书院对生徒的名额有明确的规定。如岳麓书院在乾道初重建后，生徒定额为20人。绍熙间，朱熹知潭州时，又为该书院增添了额外生徒10名。对于这新增加的10名额外生徒，书院每日供给米一升四合、钱六十文。有的书院则不仅对生徒名额，而且对书院管理人员的名额及其待遇也都有明确的规定。如金溪槐堂书院在淳祐十年(1250年)重修后，便明确规定了管理人员与生徒的名额，并根据每年总的收入状况分别给予不同的待遇。
