靖康二年(1127年)二月，宋徽宗、钦宗二帝被金军所废，北宋王朝灭亡。同年五月，康王赵构(1107~1187年)即帝位于应天府，改元建炎(1127~1130年)，是为宋高宗。后南迁，于绍兴八年(1138年)定都临安(今浙江杭州)，史称南宋。
南宋时是宋代书院的大发展时期。这一时期，在今属江西、浙江、福建、湖南、四川、广东、安徽、广西、江苏、湖北、贵州、上海、重庆的地区都有新的书院建立。其中，书院建立较多的是今属江西、浙江、福建与湖南等地区。
南宋时，书院的发展还突破了以往仅限于汉族居住区的局限。例如，在当时少数民族聚居的黎州(今四川汉源北)，就曾建立过一所玉渊书院。
南宋时书院的发展，以“嘉定更化”为界，可以划分为前后两个阶段。
第一阶段是指南宋建炎至开禧(1127~1207年)间。南宋建立之初，由于同金军的战事不断，政府无暇顾及教育事业，到绍兴十三年(1143年)，才因“兵事稍宁”，而于临安建立太学。一年以后，又下诏命各州县立学。从形式上看，此后南宋地方的州县学也渐次恢复或建立了起来，但实际上南宋的太学与州县学都是徒具虚名的，已完全沦为科举制度的附庸。进入这类学校读书的士子，大都只是为了谋取功名利禄，而真心求学的人则对之不屑一顾。与此同时，由于南宋国力衰弱，就是那些徒具虚名的州县学也常因经费支绌而时办时辍。
正是在这种情况下，适应于读书士子的求学需要，书院又再度兴起。下列书院便是在南宋“嘉定更化”以前，即建炎至开禧间建立的。
钓鳌书院在博罗。绍兴(1131~1162年)间，罗从彦(1072~1135年)建。
碧泉书院在湘潭。绍兴间，胡安国(1074~1138年)建。
龙光书院在丰城。绍兴间，当地人陈自俛建。
石洞书院在东阳。绍兴间，郭钦止建。
道山书院在宁乡。绍兴间，胡宏(1105~1161年)建。
巽崖书院在丹棱。绍兴间，李焘(1115~1184年)建。
城南书院在善化。绍兴三十一年(1161年)，张栻(1133~1180年)随父亲张浚(1097~1164年)在潭州居住时所建。
寒泉精舍在建阳。乾道(1165~1173年)间，朱熹(1130~1200年)建。
龙门书院在江安。乾道间，当地士人吕伯佐建。
武夷精舍在崇安。淳熙十年(1183年)，朱熹创建。后称武夷书院，又称紫阳书院。
应天山精舍在贵溪应天山。又名应天山书院。淳熙十四年(1187年)，彭兴宗建。次年改名象山精舍。后于绍定(1228~1233年)间改建于三峰山下，理宗赐以“象山书院”的匾额。
修江书院在南康(治今江西星子)。淳熙(1174~1189年)间，朱熹知南康军时，其门人李燔等所建。
城南书院在常州。淳熙间，杨万里(1127~1206年)知常州时所建。
长春书院在归安(今浙江湖州)。淳熙间，宣教郎朱弁(?~1144年)建。
凤岗书院在沙县。淳熙间，当地人黄显建。
竹林精舍在建阳。绍熙五年(1194年)，朱熹建。后更名沧州精舍。淳祐(1241~1252年)间，定名考亭书院。
鹤山书院在泸州。开禧间，知州魏了翁(1178~1237年)建。
此外还有吕祖谦在婺州金华(今属浙江)所建的丽泽书院、陈亮(1143~1194年)在婺州永康(今属浙江)所建的龙川书院等。
这一时期，除新建了一批书院外，旧有书院如岳麓书院、白鹿洞书院等也相继兴复。
岳麓书院在南宋初年的战乱中，该书院于绍兴元年(1131年)曾被兵火所毁。乾道元年(1165年)，湖南安抚使刘珙着手进行重建。淳熙末，湖南安抚使潘畤对该书院再次进行了修葺。绍熙五年，朱熹知潭州兼荆湖南路安抚使，又亲自策划修复，使之面貌一新。
白鹿洞书院在北宋庆历兴学以后逐渐荒废。淳熙六年(1179年)，朱熹在就任知南康军的当年，就曾到书院废址察看，并随即向尚书省及礼部申明情况，着手进行重建，次年三月初步建成。接着，又向朝廷申请颁赐《九经注疏》等书与“白鹿洞书院”匾额(后来得到允准)。淳熙八年(1181年)，朱熹在升任浙东提举后，又曾拨钱30万给新任知军钱闻诗，以作为建造礼殿、两庑和塑像的费用。在朱熹的努力下，白鹿洞书院重又振兴。
这里有必要着重说明的是，在这一时期书院的创建与兴复过程中，理学家们起了重要的作用。就拿罗从彦、胡安国、胡宏、张栻、朱熹、魏了翁、吕祖谦诸人来说，便都是著名的理学家。此外，郭钦止与彭兴宗也分别是著名理学家张九成(1092~1159年，杨时门人)与陆九渊(1139~1192年)的门人。而这一时期，一些著名理学家及其门人之所以热心于创建或兴复书院，也绝非偶然。
理学，又称道学，兴起并初步发展于北宋。北宋时期的著名理学家有周敦颐、张载(1020~1077年)、程颢、程颐、谢良佐(1050~1103年)、尹焞(1071~1139年)、杨时、游酢(1053~1123年)诸人。其中，周敦颐、杨时都曾创立书院并讲学其中，二程也曾讲学于书院，而杨时在书院的讲学活动还一直延续到南宋初年。在南宋建炎至开禧这一时期里，理学又有了进一步的发展，突出地表现在出现了像朱熹这样的程朱派理学思想的集大成者，像张栻这样的湖湘学派的代表人物，像陆九渊这样的心学派的大家，以及像吕祖谦这样的浙东金华学派的代表人物。但是在这一时期，总的来看，理学的发展却并不顺利。如果把这一时期再划分为3个小的阶段，即以高宗建炎、绍兴间为开始阶段，以孝宗隆兴间至光宗绍熙间为中间阶段，以宁宗庆元以后为末尾阶段，那么历史的事实是：在其开始阶段，程学曾同王(安石)学一样遭禁;在其末尾阶段的庆元元年(1195年)至嘉泰二年(1202年)，由于掌握朝政的韩侂胄(1151~1207年)一手制造了“庆元党禁”，以朱学为代表的理学更被视为“伪学”，受到严厉的诋诽;其中间阶段，虽然学禁有所松懈，但理学也并没有得到朝廷的重视。在这种情况下，当时的各派著名理学家及其门人，只好以书院作为研究与传播理学的重要基地。这就是他们热衷于创建与兴复书院的原因所在。由此，在北宋时期就已发端的理学家创建书院的传统，在这一时期进一步发扬了。
第二个阶段是指南宋“嘉定更化”以后。开禧三年(1207年)，韩侂胄被史弥远(1164~1233年)等所杀。次年，宁宗改元嘉定(1208~1224年)，南宋朝政落入史弥远的手中。史弥远执政后，不仅为在开禧二年(1206年)曾被追夺王爵与改谥的秦桧(1090~1155年)重又恢复王爵并赠谥，而且与金签订了嘉定和议，史称“嘉定更化”。
为了笼络人心，巩固自己的统治地位，史弥远在执政期间，还将因“庆元党禁”而遭放逐的官员重又召回朝廷，对理学大师朱熹赠谥封爵。理学家周敦颐、张载、程颢、程颐、张栻、陆九渊等也都被赐以谥号。一些理学家的子孙也得到录用。理学的地位由此得以提高。
绍定六年(1233年)理宗亲政后，进一步推崇理学。嘉熙元年(1237年)，朝廷下诏命国子监刊印朱熹的《资治通鉴纲目》。淳祐元年(1241年)，周敦颐、张载、程颢、程颐均被封爵，朝廷还下诏学宫，以他们4人与朱熹一同从祀孔子。诏旨中还褒扬周、张、二程上承据说自孟子以后便“不得其传”的“孔子之道”，并赞颂朱熹使“孔子之道”更加“大明于世”。这是从官方角度，对周、张、二程与朱熹在儒学发展史上的地位所作的明确肯定，标志着理学从此确立了在思想领域的统治地位。
显而易见，伴随着理学地位的提高及其占据思想领域的统治地位，被理学家们视为研究与传播理学重要基地的书院的发展，自然也会受到促进。与此同时，南宋王朝还一再向书院颁赐匾额，以示提倡，这也同样会使书院的发展受到促进。另外，当时雕版印刷业的兴盛，也为书院丰富藏书提供了物质条件。由于这些原因，这一时期，书院愈发蓬勃地发展起来，成为南宋书院发展的鼎盛期，又创建了一批书院，如：建于宁宗嘉定间的沙县谏议书院、建阳云庄书院、泉州石井书院、全州清湘书院、宜州(今广西宜山)龙溪书院、营道濂溪书院、涪州(今重庆涪陵)北岩书院、缙云独峰书院、安仁清溪书院、南剑州(今福建南平)延平书院;建于理宗绍定(1228~1233年)间的严州(今浙江建德东北)钓台书院、金溪槐堂书院;建于理宗端平(1234~1236年)间的长洲(今江苏苏州)和靖书院、袁州(今江西宜春)南轩书院;建于理宗嘉熙(1237~1240年)间的缙云美化书院、丹徒淮海书院、德清东莱书院;建于理宗淳祐间的余干忠定书院、太平州(今安徽当涂)天门书院、抚州临汝书院、上犹太傅书院、上元(今江苏南京)明道书院、吉州(今江西吉安)白鹭洲书院、德清履斋书院、公安竹林书院(又名公安书院)、江陵南阳书院;建于理宗宝祐(1253~1258年)间的丹徒濂溪书院、黄州(今湖北黄冈)河东书院;建于理宗景定(1260~1264年)间的临桂宣城书院、嘉兴宣公书院、太平州丹阳书院;建于度宗咸淳(1265~1274年)间的将乐龟山书院、衢州清献书院、松阳(今浙江遂昌东南)明善书院、慈溪(今浙江宁波西北)慈湖书院;还有铅山鹅湖书院、玉山怀玉书院等。
这一时期的书院发展具有以下3个特点：
第一，新建的书院，就其创建者而论，虽然既有民办的，也有官办的，但官办书院的数量明显地增加了。当然，就整个宋代的书院建设来看，民力起主要作用，官力则只占次要地位。
第二，涌现出一批建于历史名人居住或从事读书、写作、讲学等活动之处的书院。如沙县谏议书院、建阳云庄书院、宜州龙溪书院、营道濂溪书院、德清履斋书院、衢州清献书院、慈溪慈湖书院，原就分别为陈瓘(?~1124年)、刘爚(1144~1216年)、黄庭坚(1045~1105年)、周敦颐、吴潜(1196~1262年)、赵朴(1008~1084年)、杨简(1141~1226年)的居住之处;全州清湘书院、安仁清溪书院、长洲和靖书院、丹徒濂溪书院原就分别为柳开(947~1000年)、周必大(1126~1204年)、尹焞、周敦颐的读书之处;涪州北岩书院原为程颐注《易》之处;严州钓台书院原为严光的耕钓之处;缙云美化书院、余干忠定书院、松阳明善书院、铅山鹅湖书院、玉山怀玉书院原均为朱熹本人或朱熹与他人一同讲学之处;上元明道书院系因程颢曾任上元县主簿而建;吉州白鹭洲书院系因程大中曾任庐陵尉(庐陵为吉州治所)所建;缙云独峰书院、抚州临汝书院，则是因朱熹曾到过这两处地方而建。虽然这类书院还在北宋初期就已出现，但那时为数还很少，远不能同这一时期相比。而且，这一时期有些书院还直接是在名人祠堂的基础上增建而成的。如金溪槐堂书院、黄州河东书院就分别是在原二陆(陆九龄、陆九渊)祠、二程祠基础上增建而成的。所有这些都表明，书院纪念历史人物的作用，在这一时期显著地加强了。
第三，理宗嘉熙以后，出现了一种专供收容因躲避战乱而流亡到南宋境内的读书士子肄业的书院。上面提到的丹徒淮海书院、公安竹林书院与江陵南阳书院就属于这一类型。其中，淮海书院接纳流寓于丹徒的淮水流域的士子，竹林书院接纳流寓于公安的四川士子，南阳书院接纳流寓于江陵的襄阳士子。这都反映出，南宋后期，蒙古军队的南侵对于书院发展所产生的影响。
