光绪二十四年四月二十三(1898年6月11日)，光绪帝采纳康有为、梁启超等维新派的主张，颁布《明定国是诏》，宣布变法，维新运动由此进入高潮。到同年八月初六(9月21日)慈禧太后发动政变为止，共历时103天，这就是历史上有名的“戊戌变法”、“百日维新”。“百日维新”期间，在维新派的影响下，光绪帝颁发了一系列除旧布新的改革法令。其中，有关学校教育改革的主要有：

　　在北京创办京师大学堂

　　戊戌变法前的光绪二十二年，李端棻(音fēn)、孙家鼐(1827～1909)就曾相继奏请在京设立大学堂(李的奏折系梁启超代为草拟)。光绪二十四年初，王鹏运又重申此议，光绪帝当即予以批准。后来，在《明定国是诏》中，明确宣布举办京师大学堂，以此作为实行新政的重要措施之一。不久，梁启超受总理各国事务衙门的委托，借鉴日本与西方学制，并参酌本国情形，草拟《京师大学堂章程》上报。光绪帝随即委任孙家鼐为管学大臣，负责大学堂事务，命将原来所设的官书局与新设的译书局，都并入大学堂，校址设于景山东边的马神庙(原四公主府)。这所大学堂以“广育人才，讲求时务”为宗旨，在功课设置上，中、西学并重。其《章程》中规定，该学堂的课程分为普通学与专门学两类。普通学包括经学、理学、中外掌故学、诸子学、初级算学、初级格致学、初级政治学、初级地理学以及文学与体操10种，要求在3年内学完。与此同时，还要求兼习英、法、俄、德、日5种语言文字中的任何一种。专门学则包括高等算学、高等格致学、高等政治学、高等地理学与农学、矿学、工程学、商学、兵学、卫生学10种。学生学完普通学后，可学习其中的一门或两门。《章程》还规定，该大学堂实行大、中、小学三级体制，分列班次，使学生循级而升，并规定各省学堂均归京师大学堂管辖。从而使该大学堂除具有全国最高学府的性质外，还具有全国最高教育行政机构的性质。这所大学堂是中国近代最早的国立大学。戊戌政变后，所有新政均被废除，唯独这所大学堂未被取消，并于同年十一月正式开学，后于民国初年改为北京大学。

　　改书院为学堂

　　规定各省府、厅、州、县的大小书院，一律改为兼习中学、西学的学校。其中，要求将省会的大书院改为高等学堂，府城的书院改为中等学堂，州、县的书院改为小学堂。此外，对于地方上自行捐办的义学、社学等，也要求一律兼习中学、西学。至于民间祠庙不在祠典者，也要求一律改为学堂，并奖励各省绅民捐建学堂。

　　设立各种专门学堂

　　明令各省府、州、县“皆立农务学堂”。同时又规定，在已开通商口岸与出产丝茶省份，设立茶务学堂与蚕桑公院。此外，还下令筹设铁路、矿务、医学等学堂。

　　派遣留学生

　　命各省督抚从学堂中选派学生赴日本等国游学。

　　除上述外，在新政中，还有与学校教育关系极为密切的一项重要改革，即废除八股取士，改革科举制度。规定乡、会试与生童岁科各试，一律不用八股文，而改试策论。乡、会试仍定为三场：第一场考中国史事、本朝政治;第二场考时务，“专问五洲各国之政、专门之艺”;第三场考“四书”、“五经”。要求取士“均以讲求实学实政为主”，不得以楷法优劣定高下。此外，还谕令设“经济特科”，命三品以上京官与各省督抚、学政分别保荐人才，参加考试。

　　上述“百日维新”中的教育改革反映出维新派发展资本主义教育的愿望，是对封建传统教育的重大冲击。尽管这次改革因戊戌政变而夭折，但它产生了广泛影响，在一定程度上解除了封建传统教育思想对人们的束缚。