鉴于明末书院“群聚党徒”、“摇撼朝廷”的教训，清王朝最初对于书院采取的是一种极力抑制政策。进入康熙年间，伴随着清王朝统治秩序的渐趋稳定，清廷对书院的态度逐渐改变。当时，康熙皇帝曾向岳麓书院、白鹿洞书院等多所书院分别颁赐“御书”匾额与书籍，以示提倡、鼓励，从而有力地促进了书院的发展。到了雍正(1723～1735年)初期，由于雍正皇帝对书院的发展存有戒心，再度出现抑制书院发展的迹象。这种状况直到雍正十一年(1733年)才得以扭转。这年，清廷颁布谕旨，肯定书院有助于“兴贤育才”，明令各省督抚(总督与巡抚)在各省省会建立书院，并各赐帑(音tǎng)金(国库所藏钱币)作为经费。不足的部分，还允许于存公银内支用。这不仅意味着雍正皇帝对书院从抑制转为提倡，而且意味着清王朝开始从经济上对书院的发展给予支持。从此，清代书院进入了一个稳定发展的阶段。

　　从清初到鸦片战争前这个历史阶段，新建的著名书院有：建于顺治间的安庆培原书院(后改名敬敷书院)，建于康熙间的扬州安定书院、鄞(音yín)县证人书院、杭州紫阳书院、成都锦江书院、福州鳌峰书院、广州粤秀书院、苏州紫阳书院、奉天(今辽宁沈阳)萃升书院、台湾县(今台湾省台南市)海东书院、肥乡漳南书院，建于雍正间的江宁(今江苏南京)钟山书院、桂林秀峰书院、济南泺(音luò)源书院、保定莲池书院、兰州兰山书院，建于乾隆间的北京金台书院、上海敬业书院、醴陵渌(音lù)江书院、广州越华书院，建于嘉庆间的杭州诂经精舍、江宁尊经书院、苏州正谊书院、吉林白山书院、凤山凤仪书院、福州凤池书院，建于道光元年(1821年)至道光十九年(1839年)间的广州学海堂、上海蕊珠书院、江宁惜阴书院(初名惜阴书舍)等。原有的著名书院如白鹿洞书院、岳麓书院与衡阳石鼓书院、登封嵩阳书院、庐陵白鹭洲书院、铅山鹅湖书院、太原三立书院、武昌江汉书院、西安关中书院、杭州敷文书院(原名万松书院)、开封大梁书院、贵阳贵山书院、南昌豫章书院、长沙城南书院、昆明五华书院等，也都进行过修葺或重建。

　　这一时期，曾在书院讲学或担任主持人的著名人物有黄宗羲、陆世仪、李颙(音yóng)、陆陇其(1630～1693)、颜元、张伯行(1651～1725)、全祖望(1705～1755)、卢文弨(音chāo，1717～1795)、戴震、钱大昕(音xīn，1728～1804)、姚鼐(1731～1815)、段玉裁(1735～1815)、章学诚(1738～1801)、洪亮吉(1746～1809)、孙星衍(1753～1818)、阮元(1764～1849)、李兆洛(1769～1841)等。

　　这一时期，书院最主要的特点是官学化十分严重。当然，这种情况主要发生在雍正十一年以后。一方面，清政府从经济上支持书院的发展，另一方面，也大大强化了对它的严密控制。这种官学化在书院组织管理方面的表现，主要有以下几点：一是雍正十一年(1733年)后，书院的主持人一般为地方官所延聘。清政府规定，延聘书院主持人，须经各省督抚、学政或府、州、县地方官慎重挑选，并对被延聘者定期进行考核，酌情予以奖励或提升，从而将书院主持人置于官府的绝对控制之下。二是乾隆以后，作为清代书院主要管理人员之一的监院(地位仅次于山长，负责院内总务，如书院职事与生徒的管理以及经费收支等)，一般也由官府遴选、委任(大多命府、州、县学的教官兼任)。三是在乾隆以后，按照清政府的规定，书院生徒一般都要经过官府所主持的甄别，方能被录取入院肄业。其中，才识尤为出众者，准许院方向官府举荐。这说明，清政府对书院生徒的控制显著地加强了。

　　这一时期，书院的官学化在教学内容方面也有很突出的反映。由于清代科举制度盛行，特别是由于清廷在乾隆九年(1744年)曾明文规定，书院课试“以八股为主”(《钦定大清会典事例》卷395)，所以，这一时期的大多数书院均以八股文即制艺为主要教学内容。从而使得书院与府、州、县学一样，也成为科举考试的预备场所。在这些书院中，主要的教学活动不是讲学，而是就所学八股文、试帖诗进行考课。清代书院的考课分为官课与师课两种，官课由地方官命题并主持，师课则由山长命题并主持。书院一般每月都要进行考课，称为月课。每个书院的月课次数不一。每月两课的，官、师课各一次。有些书院除月课外，还有季课。

　　除了以八股文为主要教学内容的书院外，还有少数注重学术或学问传授的书院。这类书院主要有以下两种：

　　一是注重传习理学的书院，属于这种书院的有清初的东林书院、关中书院、嵩阳书院、鳌峰书院、姚江书院，以及歙县紫阳书院、休宁还古书院等。这些书院或以传习程朱理学为主，或以传习王守仁心学为主。多数书院都是以传习程朱理学为主。这些书院的主要教学活动是讲学，明代书院的讲学之风，在这些书院中依然颇为盛行。这些书院的讲会同明代一样，也是一种有固定会期、有组织的活动，这种书院主要出现于清初。清代中期以后，讲会便渐趋沉寂了。

　　二是注重肄习经史词章之学的书院，这种书院的出现与清代中期汉学的兴盛密切相关。清代汉学，又称朴学或清代古文经学，是主要从事训诂考据的经学派别，以其推崇东汉古文经学家许慎、郑玄之学而得名。这一学派在乾隆、嘉庆年间盛极一时，故又称乾嘉学派。这一学派中的不少学者都曾掌教于书院(如上面提到的卢文弨、戴震、钱大昕、段玉裁、孙星衍、阮元)。这些书院很自然地成为他们研究并传播汉学的基地。其中，由阮元先后创建的杭州诂经精舍与广州学海堂尤为著名，成为以传习经史词章之学为特色的汉学最高学府。这两所书院虽然进行考课，但前者考课的内容为十三经、“三史”疑义与小学、算法、词章等，后者的考课内容是“经学、史笔、词赋”，均非八股文、试帖诗那一套。尤其是阮元创建的两所书院，对清代道光(1821～1850年)以后的书院发展产生过深刻影响。